Shinji Ikari, um jovem de 14 anos carente de afeto e desprovido de amor-próprio, de repente, é chamado por seu pai - com quem nunca teve contato - a comparecer à NERV para pilotar bio-robôs de combate, gigantes - os EVAS - e assim salvar o mundo de misteriosos seres denominados "Anjos", os quais ninguém sabe ao certo se são enviados de Deus para castigar a humanidade ou alienígenas invasores.