Em toda noite de lua cheia, uma misteriosa embarcação é vista na costa da cidade. Seria o Rato Preto, há anos afundado pela Marinha de Mar-Nublado durante a emboscada contra os piratas? Uma coisa é certa: a população está apavorada, especialmente com os saques que voltam a ocorrer sempre que o emblemático navio é visto. Matilda, uma pequena - mas destemida - moradora de Mar-Nublado está disposta a resolver este mistério e acabar de vez com o pânico que assola a população. Ao lado da família Bandeira-Pirata, Jim Júnior - um pirata de verdade! - e Matilda lutam para solucionar o enigma. Conseguirão eles derrotar os piratas estropiados?